Территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Липецкой области образован в 2006 году.

Структура федеральных органов исполнительной власти утверждена Указом Президента Российской Федерации № 649 от 20 мая 2004 года. Положение о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения утверждено Постановлением Правительства Российской Федерации № 323 от 30 июня 2004 года Приказом Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития от 22 ноября 2011 года № 7623-Пр/11 было утверждено Положение о территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития по Липецкой области (Управление Росздравнадзора по Липецкой области).  06.10.2020 № 9127 утверждено новое Положение о территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Липецкой области. На сегодняшний день штатная численность Территориального органа Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Липецкой области составляет 13 единиц. Штат укомплектован на десять единиц.Основными полномочиями Территориального органа Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Липецкой области являются  контроль и надзор качества оказания медицинской помощи, обращение лекарственных средств и медицинских изделий, льготное лекарственное обеспечение, лицензирование медицинской и фармацевтической деятельности.